刘远这段时间也是焦头烂额，他的任务是训练士兵。 刘远手边现在有三千士兵，其中两千人是原来吴县的县兵。还有一千人是杨云从京城招募的新兵。
这三千人战力非常差，由于他们将是对付土匪的中坚力量，所以对他们的训练成了当务之急。连修缮城墙这样重要的事情，都没有叫他们参加。
杨云给刘远的任务是，加强对这些士卒的训练，让他们有一定的作战能力。以免在即将来临的土匪攻击面前，显得不堪一击。
来到军营的第一天，刘远和这些士兵见了面，给他们训了话，鼓励他们努力训练，保护吴县。此外，还宣布了军营的规定，要求所有人从第二天起，每天准时训练。
第二天一早，刘远早早的来到训练场，命令号手吹响集合的牛角。
可是出现的情况让刘远十分失望，这些士卒出来得慢慢吞吞，并且大多数人都衣冠不整。
甚至还有一些老卒，躲在营帐里边儿睡觉，根本没有出来。
刘远从小在军中长大。对军中的规矩十分清楚，他派人将那些躲在军营里的老兵拖了出来，每人二十军棍，打的他们皮开肉绽。
其余的士兵见了，都下吓了个胆颤心惊，暗暗庆幸自己。按照命令准时来到校场。在稍后的训练中，这些士兵们就老实多了，不折不扣的执行刘远的命令。
刘远的第一个命令是，让这些士兵捉对厮杀，他想看看，这些士兵中 哪些功夫还不错，能够重用。
第二个命令是，围着校场跑圈。他想知道，哪些人平时自律，有较好的身体素质。
由于时间比较匆忙，他没有来得及精挑细选。把这三千人分成了三个千人队。从中选出了三个功夫不错身体素质也不错的人任千夫长。
由这三个千夫长，把各自的队伍又进行进一步的细化，选出百夫长，什长和伍长。然后由这些选出的军官们，带领着手下的士兵。
由于需要这些士兵尽快的投入战场，所以刘远没法按步就班地对他们进行系统训练。于是刘元主要在打熬体力、练习战技、操演阵形这三个方面下功夫。
其中打熬体力。主要的训练方式是而是练石锁，砸木桩，这是军中常用的一种训练手段。主要是为了增加增强这些士兵的力量。
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而练习战技，也就是练习刀弓等武器的使用技巧，有打桩（打靶）的单人练习，也有两人一组的对练。
最麻烦的还是操练阵型，而且变化比是相当复杂的，所幸要求却不高，像整队时间，站位准确，要求都是比较低的（毕竟这些士兵大多文盲，要求高了很难做到）。
“平时多流汗，战时少流血”。刘远对杨云的这句话奉如至宝。所以他也时常用这句话鞭策手下的士兵。
训练时，要求所有士兵必须做到。不怕累，也不怕要受伤。在刘远近乎残酷的训练下，这些士卒每天训练结束，都恨不得趴在那里一动都不动。
为了调动士兵的训练积极性，他实行了奖惩政策。每天让厨房将士兵的饭食分成两个标准，训练认真效果明显的士兵，就有大鱼大肉。
而训练偷懒，效果特别差的士兵。吃的就特别差，甚至还有可能没有饭吃。最严重的，就是一顿军棍伺候。
就短期看，刘远这种胡萝卜加大棒的训练方法，还是非常有效的。几天时间下来，士兵的力量、耐力，以及对战能力都有了一些进步。