商鞅凭一己之力将秦国打造成一部精准的战争机器，如今富贵在手，权势熏天，岂会因赵良的一句话便放弃这一切？即使能预见到危险，也决不会后退。
五个月后，秦孝公因病而薨。群臣奉太子嬴驷即位，是为秦惠文公，也就是后来的秦惠文王，此时尚未称王。商鞅自负为先朝重臣，出出进进甚为傲慢，全不把新王放在眼里。
太傅公子虔先前被商鞅处以劓鼻之刑，如今只能天天戴着面具示人，此仇不报，更待何时？他联合被黥面的公孙贾一同向秦惠文公进言：“大臣太重者国危，左右太重者身危。商鞅立法治理秦国，国家虽大治，但老百姓们嘴里只有商君之法，从不提及秦国之法。如今商君又坐拥十五座食邑，位高权重，之后必会谋逆。”
秦惠文公恨恨道：“我也早就恨上这个老贼了，只是他是先君重臣，又没有真的谋反，且等上一段时间再说吧。”
惠文公收回商鞅的相印，命他退回封地商於。商鞅离开咸阳时，车马仪仗齐具，阵仗堪比诸侯。朝中百官相送，城内所有衙门为之一空。
公子虔与公孙贾又来密奏惠文公：“商君不知悔改，仪仗规制堪比天子，如果回到商於，必会谋反。”
甘龙与杜挚也在一旁作证，秦惠文公大怒，命公孙贾领武士三千，前去追上商鞅，拿他的项上人头回报。公孙贾出得朝门，咸阳百姓因为久受严苛的法令之苦，也深恨商君。一听说公孙贾要去捉拿商鞅，个个振臂跟从，一时聚集了数千人的队伍。
商鞅出城走了百余里地，忽听后头喊声大起，一打听，说：“朝廷发兵追赶。”
商鞅大惊，知道自己不容于新君，祸事将至。急忙脱下衣冠下车，假扮成一个普通卒子逃走。一直走到函谷关，已近黄昏，只得到旅馆投宿。店主人向他索要身份帖，商鞅是逃出来的，哪里拿得出来？
店主人说：“商君之法，不准收留无帖之人，犯者并斩！我不敢留你。”
商鞅感叹道：“我立这样的法，实在是自己害自己呀！”
他冒着夜色出行，混出函谷关，投奔了魏国。商鞅曾经诱捕公子卬，逼得魏国不得不将河西割让给秦国，魏惠王恨不能吃了他的肉，哪里肯收留他？于是想把商鞅装入囚车押回咸阳。
好在商鞅听到了风声，又逃回了自己的封地商於，准备起兵攻秦，却被公孙贾追上捉了。秦惠文公历数商鞅这些年的罪行，命令将他押往市集，五牛分尸。咸阳百姓深恨商鞅，争啖其肉，商鞅死后尸骨无存。
商鞅与吴起一样都是法家，在那个大争之世，法家学说可以快速地实现富国强兵，十分对那些急功近利的君主胃口。可是法家崇尚以严刑峻法剥夺贵族特权，限定人民的生活自由，必定受到强大的阻力。来如风，去如电，法家兴也速，亡也骤。