常备军由中央与地方军（郡国兵）组成。中央军中，京师卫戍部队由城门校尉统领，野战部队（北军）由北军中侯统领。北军下辖五个兵种的部，番号分别为屯骑（骑兵）、越骑（特种兵）、步兵、长水（水军）、射声（弓箭）。长官为校尉，副职司马。全军总数约五千人不到。
北军平十卒驻屯在京城长管君主宿卫、助理首都治安，发生战事就成为组建出征步枪队的核心。地方上的郡国兵经东汉初期多次裁撤、削减，只剩下边郡与内地关隘的少数驻军。遇有战乱，都是临时募兵或抽调京师北军出战。
地方东汉的行政区分为郡（国）、省二级。郡之上还有监察区性质的州。州的长官为刺史（中平五年改称州牧；京畿地区的司隶部长官特称校尉），其主要职责是巡察下属郡国政务，年终遣吏到京城向司徒府汇报（上计），劾奏不称职的郡国长官。属官有从事（亦称掾史）、假佐。从事有治中从事、别驾从事、簿曹从事、兵曹从事、部郡国从事等，均由州长官自行聘用。
治中别驾是州长官的主要助手，在从事中地位最高；簿曹掌文书；兵曹掌军事，仅在有军务时设；部郡国从事，每郡国一人，负责纠劾郡国长官、按治郡僚属，其地位仅次于治中、别驾。
假佐是州长官的低级属官，主管文书，其中的典郡书佐分管州所属郡国的有关文书，每郡一人，由郡史轮流充当。郡的长官称太守（因太守兼领武事，故别称郡将；州治所在郡的长官称尹），根据郡的大小、没恶，太守的级别有中二千石至八百石六级。郡内原设有专掌军事的都尉，在建武六年之后，边郡常设，内地大多不设。每郡的都尉，为一至五千人不等。
都尉在一人以上时，在郡之下分设都尉辖区。有时，在不足设郡的地方，亦设置过渡性的都尉区（属国都尉）进行管理，其性质相当小郡。郡太守助手为郡丞（边郡为长史），由中央任命。此外，郡府的僚属有：功曹，掌管郡内一切人事；主簿，掌管文书；督邮，主管纠察属县、监管本郡官民；掾、史‘，分曹办理郡政，掾为正职，史为副职，每曹有办理文书的书佐。
又设三老，帮助推行政施和教化。郡府僚属由郡太守自行聘用，其的位以功曹最高，依次为主簿、督邮等。郡都尉的僚属与太守类似，亦由郡都尉自行聘用。
分封给诸侯王的郡称国，其行政级别与郡相等。王国的官属分两个系统，一是类似于郡官的民政系统，有相（相当太守）、长史（相当都尉），其属官亦与郡大体相同；一个是管理诸侯王生活、禁卫的官属，如郎中令（相当光禄勋）、仆（相当太仆）、治书（相当尚书）等。
此外，王国还设有类似于太傅的傅，负责辅导诸侯王，级别等同于王冠相。分管少数民族的使匈奴中郎将、护乌桓校尉、护羌校尉，级别与郡太守相当，其属官有从事、掾，无定员，根据事务多少而设。
县的长官为县令或县长，级别从千石至三百石不等。下设属官有；丞一人，管理文书、仓狱；县尉一至二人，管理治安；主簿、功曹、掾、史，均与官类似；三老，掌教化。
县的长官由朝廷任命，但州郡也可以过问县的人事，县长官或丞、尉出缺又无合适人选的，上级机关可派出属官或另行任命他人代L县长官的行政事务，受郡府的监督，每年年终要向郡长官汇报功作（上计），听侯考核。
分封给列侯的县称侯国，其行政级别与县相等。侯国的官属也像王国一样分两个系统：主管民政的是国相，相当于县令或县长，仅负责向列侯交纳租，行政上则听命于郡；列侯的家臣有家丞、庶子各一人（不满千户的侯国不置家丞）。
此外，与县的级别相当的地方行政单位还有道（境内有少数民族的县）、邑（封赐给公主的县）及郡所设的盐官、铁官、工官、都水官。
道、邑的官属与县、侯国差不多，郡在县境所设盐铁工官等，由县暑调拨属官理事，不另外设置官属。县以下的行政单为有乡、亭、里，大体是百户为一里，十里为一停，十亭为一乡。乡的长官为秩、啬夫，令有游徼掌治安、乡佐收税、三老掌教化；亭设亭长主管治安，令有亭侯、亭卒；里的长官为里魁。
乡、亭、里的官员一般由郡、县等上级机关任免大将军：战国时始置，是将军的最高封号，东汉时多由贵戚充任。
具体名号有建威大将军、骠骑大将军、中军大将军、镇东大将军、抚军大将军等等，除骠骑大将军之位稍低于三公之外，其余均在三公之上。三国时夏侯惇、姜维等人皆为大将军。大司马：汉武帝（刘彻）废太尉设大司马，光武帝（刘秀）又废大司马为太尉，故大司马即太尉，为掌管军政和军赋的最高官职，即全国最高军事长官。