凭借着MW1里扎卡耶夫那极其煽动的名言和极富戏剧色彩的死亡，导致整个俄罗斯民粹化，俄罗斯人民不仅把扎卡耶夫当成了民族英雄，为其树立起了纪念碑，同时还用扎卡耶夫的名字冠名国际机场。在阿富汗，混蛋的事情(夏培德将军语)依然在继续着，过去的敌人变成了今天的兵员，游骑兵一员的Allen肩负起了训练阿富汗新兵的职责。他的一举一动被一旁的夏培德将军看在眼里，将军觉得他是自己用得上的棋子。还没等将军拉Allen执行自己的特殊任务，受到武装分子袭击的美军来基地搬救兵，于是我们的Allen义无反顾地上了悍马。
刚开始的阿富汗车队
一路上，夏培德阐述着自己关于现代战争的理解和自己的一套胜者为王的理念，说到热血之处，把普世价值吹得天花乱坠，而自己只是为了让世人明白这种价值的战争机器而已。河岸上，大义凛然的夏培德将军拉起Allen，说出了游骑兵当先的名言就一溜烟地跑掉了，Allen跟着车队，借着美军导弹炸掉为数不多的高层建筑的余威，一路杀过阿富汗小学，最终踏上了夏培德将军的直升机的阶梯。
在飞机上，夏培德将军二话不说把Allen划归到CIA的单位名下，同时告诉Allen你有幸将和地球最强特种部队141合作，而另外两位应该和你一队的队员现在在俄国冰天雪地里执行任务。没多久肥皂和我们的第二主角回报任务全部完成，再拿回ACS模块的同时，还毁掉了整个俄军基地。
俄罗斯基地
于是，夏培德将军提出自己对Allen要求的东西更多，夏培德将军要求Allen假扮俄军士兵，同时被安插在马克洛夫的身边，以便随时抓获马克洛夫。夏培德将军同时也大致交代了Allen另一部分属于CIA秘密权限的任务，那就是暂时成为马克洛夫的“朋友”，一起实施扎卡耶夫国际机场的恐怖袭击的任务，同时嫁祸给扎卡耶夫残党，以使俄罗斯政治变天。夏培德将军不无深情的说道，这是一场不计代价的交易，不管付出有多少，即使是你的生命，但是与你将要拯救的人相比，这些都不算什么。于是Allen就屁颠屁颠地去了俄罗斯，混入了马克洛夫的恐怖分子里。
在扎卡耶夫国际机场，对着Allen出色地完成了CIA部分的任务，给俄罗斯传递了一个扎卡耶夫残党所为的信号。因为马克洛夫曾经是扎卡耶夫的门徒，由他施行的恐怖活动自然算在扎卡耶夫残党身上。然后不知怎么的，马克洛夫在逃出升天的最后时刻，识破了Allen的CIA伪装，一枪干掉了Allen，他似乎是改变了原来发动恐怖袭击所要传递信号的初衷，自己给世界和俄罗斯留下了一个信号。那就是这场由扎卡耶夫的门徒领导的恐怖袭击背后实际上是CIA的杰作。
恐怖份子袭击机场
因为Allen的行为和身份，美国和141特别行动队的说辞再也没有人相信了，他们迫切需要一个足以让人信服的证据，于是顺着机场查获的Bullet，141特别行动队把武器提供者锁定在了巴西。他们希望透过Bullet找到武器提供商，并最终查到马克洛夫的地址，还自己一个清白也好，问清事情来龙去脉也好。
巴西巷战
与此同时，在被机场屠杀悲剧震动的俄罗斯，复仇的情绪一浪高过一浪，政府最终不顾一切地组织起了最庞大的空降力量，透过之前在被美军抢回前复制的ACS模块数据模拟，俄军突破了美军甚至是整个北约的防线，对美国东海岸心脏地带发动了突然袭击。
百年来首次，外国的军队空降到了美利坚合众国的领土上。刚回国没一两天的游骑兵不得不再拿起现代武器，逐街逐屋和俄军打起攻防战。仅仅是为了报机场屠杀的仇，俄军就要让美国人民付出千倍的生命为代价。一时间整个华盛顿周边一片焦土。
与此同时，远在巴西的141特别行动队终于抓获了想要的犯人，问出了自己想要的答案，一个对马克洛夫极其重要的犯人被关在The Rock里。这是对141来说是通往马克洛夫这个罪魁祸首的下一站，于是和夏培德将军联络之后。夏培德将军提议让141随反攻俄罗斯的美军太平洋部队行动，而且现在有一个非常重要的任务要141协同完成。本来战争中什么都可以干，但是夏培德将军对队员们声明自己重视生命多过用武力使对方屈服。而此时，在西伯利亚东面的海上，有几个钻井平台被走向极端的俄军士兵占领了，他们绑架了平民让他们当人质，逼迫美军不能攻击平台。而他们自己则在平台上装满了导弹和炸药，随时准备把美军送到大海里喂鱼。141特别行动队接受了夏培德将军瘫痪平台的任务并出色地完成了任务，在把去除大部分威胁的钻井平台交给随后赶到的美军部队之后，141特别行动队向着大陆那块的The Rock飞去。
海上钻井基地
由美军战机开道，141特别行动队很快攻入了The Rock，并且在浴室里歼灭了居高临下的俄罗斯海军陆战队队员。当他们打开那位对马克洛夫很重要的犯人的牢门的时候，作为队长的肥皂一下子惊呆了，这不是肖恩康纳利吗?他抹抹眼睛，仔细地看了看，原来不是前SAS&英国间谍，而是自己的师傅兼基友，Price。虽然很想上去熊抱一下，但是时间不等人，美军的战舰为了彻底瘫痪The Rock，将要进行大规模轰炸，于是在一阵有惊无险的火光之后，141众人逃出了恶魔岛。
恶魔岛之旅
在获得救出Price的消息之后，将军建议Price带领141的队员迅速去抓获马克洛夫。不过Price的建议是先终结华盛顿的战事，用不远处核潜艇基地里的ICBM携带核弹高空引爆制造EMP效应，摧毁俄军在东海岸的全部电子设备和战斗器械，不让俄军巩固自己的滩头阵地，之后俄国本土就没办法增援了，Price打赌说战事将在明天全部结束。
然而，将军不同意Price的做法，他执意要求先抓获马克洛夫，于是老油条Price不顾将军的反对切断了通讯，将在外嘛!时间不等人，很快被Price掌握的141特别行动队迅速攻入了俄军核潜艇基地，一个英国人，对着美利坚的首都华盛顿发射了一枚核子飞弹。
俄核基地之战
(白宫曾经被烧毁过，自然还能再次重建，夏培德将军语)而夏培德将军这边，没多久就去了美利坚供领导人用的地下狼穴，对国防部长通报了Price一行人的情况，并且估损美国将有5W人到7W人因为EMP和污染丧生，当然也要考虑飞弹具体在哪儿引爆。无可奈何的国防部长给了夏培德将军一张空白支票，即使白宫要因此重建，也让他去做任何能做的事情来挽回美国在这场战事中的被动。
一片瓦砾的华盛顿，战争依然在继续，游骑兵在美利坚人民英雄纪念碑前战斗，在国会图书馆前战斗，在这片故乡上战斗，为他而生为他而死。黑鹰坠落，游骑兵一个接着一个倒下，红潮正在一步一步逼近，直升机的光芒照射在脸上，宛如创世之光。