“监视南京，掩护徐州，保留实力，以便机动打击敌人。
”但南京是国之首都，不防守，何以向国民交代？
对此，军委会作战组组长提出：
“南京是我国首都所在，不作任何抵抗就放弃，当然不可。但不应以过多的部队争一城一地的得失，只用象征性的防守，作适当抵抗以后就主动撤退。”
南京保卫战前，很多高级将领认为，应该战术性放弃南京。军事委员会清楚，从军事角度而言，南京确实不利于防守；
但从国际舆论而言，首都南京又不能不守，而他所期待的大家群起呼应、捍卫南京的局面，并没有出现，会场一片沉默，在此情况下，军委会警卫执行部主任突然站起来，大义凛然地说：
“现在敌人已迫近首都。首都是国父陵寝所在地，值此大敌当前，南京如不牺牲一二员大将，我们不特对不起将士在天之灵，更对不起我们的最高统帅。本人主张死守南京，和敌人拼到底!”
听到这番慷慨忠义的陈词，军事委员会立即任命担任南京司令部司令长官，慨然受命，并当场向军事委员会保证，他将在指挥南京保卫战时，
“临危不乱、临难不苟···没有统帅命令，决不撤退”。
但很多将领认为，所谓与南京共存亡，很可能只是一句空话而已。
这注定将是一场悲剧般的战争，南京已不能守，又不得不守。
11月17日，军事委员会记录中：“本日为南京固守与放弃问题踌躇再四”，
但考虑再三，军事委员会最终决定坚守南京，并希望能固守“3个月乃至1年”；
11 月 26 日，军事委员会记录中:
“南京孤城不能守，然不能不守，对上、对下、对国、对民，殊难为怀也。”
但军事委员会也清楚，在日军的军事优势下，计较一城一池的得失并不划算，
“南京守城，非守与不守之问题，而是固守时间之问题···只可希望较短时间之防守。既作短时间守城之望，则不必将全部之基干部队，全部牺牲，须预为撤退之掩护”。
“若是至不得已放弃南京时，各防守部队撤退，得有掩护。”
对此，南京守卫司令部也非常明白：
“南京是我国首都，为国际观瞻所系，又是陵墓所在，如果放弃南京，将何以对将士在天之灵？”
军事委员会深知南京难守，但又不得不守。
在做出“短期固守”南京的决策后，军事委员会迅速行动，以南京4个师的守备部队为基础，另外还调集了11个师增援南京，随后，南京守城兵力增达15个师，共计15万人。为了表示长期抗战的决心，国民政府也做了两手准备：当时，一方面积极备战，另外，11月20日，国民政府正式宣布迁都重庆，在一份就迁都致军内各级长官的密电中，“宜抱破釜沉舟之决心，益坚最后胜利之自信，寸地尺土，誓以血肉相撑持，积日累时，必陷穷寇于覆灭。”
而从军事和政治的双重角度来说，国民政府当时的两手准备也比较明智，但战局，很快就超出了军事委员会的预料。
11月18日，“如此严重之守城工作，其体力似不胜任。予今日两次用电话与商NJ市民救济事宜，彼均在就寝，从可想见。”
后来回忆说，虽然有爱国热情，但当时已长期没有带兵，缺乏实际作战经验，也没有驾驭现代战争与指挥大兵团作战的能力；且在来路复杂的各路守城部队中，缺乏威望；加上身体很差，甚至连亲临战场视察，都已无法做到。 4大战一触即发。
11月27日，召开中外记者会，并强硬表示：
“本人奉命保卫南京，至少有两件事有把握：
第一，即本人及所属部队誓与南京共存亡，不惜牺牲于南京保卫战中；
第二，此种牺牲定将使敌人付出莫大之代价。”
尽管爱国热情高涨，但实际行动与能力，却与这场首都保卫战最高军事长官的身份，严重失称。
12月5日，南京保卫战正式打响。
却经常是窝在家里，而不是上前线视察。“在围城战斗中，每日傍晚在庭前散步，照常由侍从身背大温水瓶，手捧小茶壶和三炮台随侍左右，每几分钟用热毛巾拂脸，品香茗，香烟一支接一支地抽，看样子颇为镇定安祥。”
国军将士们依托南京城墙，誓死捍卫首都。
南京城内内外外的战士们，与敌军展开了殊死搏斗，但大量中国伤兵却得不到救治：
“自从日军攻城，南京就呈现出可怕的景象。中国方面收治伤兵的设施悲剧性地不足，早在一周之前在大街上就经常见到伤兵，有的跛行，有的在地上爬着，乞求得到医治。”
大量国军将士在前线浴血奋战，南京城危在旦夕。
很多悲剧，或许从一开始就已注定。
南京保卫战爆发前，南京城内仍然有50多万平民，国民政府宣布誓死捍卫南京城，给了NJ市民们勇气以留守；加上15万守城官兵，当时，南京城内外人口多达65万人。
但军事委员会，从军事角度而言，淞沪会战新败，兵残衰弱；且从军事地理而言，属于“死地”的南京，城破只是时间问题；但作为首都，这是一场不得不打的保卫战，否则对国对民他都无法交代。
……
而五洲仓库，更是艰难。
一个星期的坚守，已经没有了食物和水。
虽然还有弹药，不过，没水喝，没有了粮食。五百多名将士愈发艰难起来。
幸好，这一天降了大雨。
总算能接了一些雨水，以解燃眉之急。
沈千舟清楚，该主动做些什么了。
……
而日军却依旧不慌不忙。
根本没有进攻的意思。他们的想法很简单，要让五洲仓库的守军主动缴械投降。
这样，上海会战才能圆满。
这个建议是长友文夫提出来的。
他的想法很简单，上海会战已经取得了完胜。现在要做的是在心里彻底摧毁中国人的斗志。
现在的兵力，日军已经远强于国民军，即便攻下五洲仓库也达不到最佳的效果。
如果中国人能跪地求饶，投降的话，预期将远强于抢攻夺取。
这个建议得到了远东司令部的同意。
故而，围而不打，让里面固守的国民军没有战斗力的时候，再劝降。在租界各国眼皮底下，展现自己的实力。
这些，沈千舟当然清楚。