于是努尔哈赤下达了令人震惊的屠杀仇金汉民的命令。他指责汉民“窝藏奸细，接受札付，叛逃不绝”，历数川城，耀州、彰义站、鞍山、海州、金州等地汉民武装反抗事例，命令八旗“区别”汉民，凡系抗金者，一律处死。各将遵令，“分路去，逢村堡，即下马斩杀”。
复州紧临明军的实控区，当地汉民帮助明军运送情报，掩护他们进行游击战。于是努尔哈赤派数位贝勒，率兵两万，前往镇压，将男人全部杀光，带回大量女子、牲畜。“时奴贼既得辽阳，辽东八站军民不乐从胡者，多至江边……其后，贼大至，义民不肯剃头者，皆投鸭水（鸭绿江）以死。”
努尔哈赤对汉人的反抗毫无反思，他的应对措施是进一步种族歧视、种族清洗。
窃据沈阳后，满汉人户便被指定居住在按种族划分的区域内。除此之外，努尔哈赤还规定汉人不得持兵器；而女真人则无论是不是八旗兵丁，都要随身携带兵器。
明朝的读书人还是学华夷之辩的，远比满清的要有骨气，再加上他们本身就在当地有着一定的号召力和经济实力，所以很多汉民起义也都是由当地的读书人所带头。后金采取严厉措施，命令满族官吏进行彻底调查，清洗各村带头闹事的秀才，对不愿为后金效命的知识分子展开了无差别的大屠杀，并且将各地私塾及原先明朝政府所建立的正规学校全部关闭。
使得整个辽东的文化、科技水平产生了巨大的倒退。
在后金邪恶、野蛮的统治之下，辽东的生产受到了严重的破坏。这个曾经是“田人富谷，泽人富鲜，山人富材，海人富货”，“家给人足，都鄙廪庾皆满，货贿羡斥”的富饶地区，竟弄得人丁锐减，田园荒芜，庐舍残破，百业凋敝，社会混乱，民不甯居，饥荒频仍。
沦陷区内，努尔哈赤对汉人实施系统性的种族灭绝和民族压迫，稍有反抗，便大肆屠杀。在原先的历史中，入关之前，仅仅是有文字记载的满清屠杀辽东汉民人数就有五百多万，使得东北在长达近200年的时间中几乎是无人区。
这样的反人类罪行，即使是日寇也不能与之相提并论。
就在这样残酷的的情形下，辽东人民开始了他们南望王师的第一年。