从此，由于杜让能等人的死，朝廷文武百官看清了昭宗的人品和能力，他们再也不敢给昭宗出谋划策，他们与昭宗越走越远了！
之后，李茂贞又和河东的李克用发生了冲突。
事情起因是，当时的河中节度使王重盈死后，他的儿子王珂和王珙争夺节度使之位。因为有李克用的支持，唐昭宗便将节度使给了王珂。
李茂贞站在王珙一边，见唐昭宗将节度使给了王珂，便和另外两个节度使王行瑜和韩建一起发兵到了长安，想要逼唐昭宗改换节度使的人选。
得知李茂贞包围长安后，李克用马上率军出兵长安，于是李茂贞马上进入长安杀了主张王珂上位的李溪和韦昭度等两个宰相。
之后，李茂贞让自己的养子李继鹏留在京城守卫，自己带领大部队回到了其大本营凤翔。
李克用得知李茂贞杀害大唐宰相的消息后，他马上带领进入部队杀入长安城支援唐昭宗！
李茂贞自知打不过李克用，他便杀掉了李继鹏向唐昭宗谢罪。
不久，李克用打败了李茂贞的同伙王行瑜，李克用请求唐昭宗允许他出兵凤翔，攻打李茂贞！
但是，唐昭宗顾虑重重，考虑很多，他认为李克用的总部在太原距离长安太远，远水解不了近渴！
李茂贞的总部凤翔距离长安近在咫尺，李茂贞是唐朝时时刻刻的威胁，因此，他想通过庇护李茂贞免受李克用攻击，而让李茂贞对他感恩戴德。
当然，唐昭宗真实顾虑是，他担心李克用消灭李茂贞之后，赖在长安和秦川地区不走，这样李克用又成为他的心头大患，毕竟昭宗认为李克用比李茂贞可怕一万倍！
得到找昭宗放自己一马的情报后，李茂贞杀自己的儿子，给昭宗谢罪赎罪！
因此，唐昭宗下令让李克用撤兵，返回太原！
李克用在离开长安时叹气道：“不杀李茂贞，京师一带便无宁日！”
李克用撤离长安和秦川后，唐昭宗从石门回到京师长安。
昭宗回到长安后马上招募和训练军队，并让大唐宗室之人员统辖这些部队。
李茂贞很快得到这些情况，他认为唐昭宗这样做是在防备自己，于是，李茂贞又领兵进攻长安！
唐昭宗刚招募的军队不堪一击，还没有见到李茂贞的军队便做鸟兽散了！
为了保命，唐昭宗只好在太监们的护送下出逃，投奔华州（今陕西华县）的韩建。
李茂贞进入长安，纵兵大加抢掠，将许多宫殿付之一炬！
韩建曾经是李茂贞的同盟军，而且韩建的实力不一般，最终在韩建的调停下，李茂贞不但没有被加罪，反而加封为岐王，并拜尚书令。
李茂贞撤退后，唐昭宗带领文武百官回到长安，但此后，昭宗被宦官们控制起来了！
光化三年（900年）十一月，宦官刘季述等幽禁唐昭宗，立太子李裕为帝。
朱温闻讯后，立即带领精锐及骝重进军秦川勤王！
次年初，朱温威逼长安城后，与朱温关系密切的宰相崔胤与护驾都头孙德昭等杀刘季述，昭宗复位，改年号为天复，进封朱温为东平王。
此后，崔胤想借朱温之手杀宦官，而韩全诲等宦官则以凤翔（今属陕西省）李茂贞、邠宁（今彬县、宁县）王行瑜等为外援。
同年十月，崔胤矫诏令朱温带兵赴京师，朱温乘机率兵七万由河中攻取同州、华州（今华县），兵临长安近郊！
韩全诲等劫持昭宗到凤翔，投靠李茂贞！
朱温领兵追到凤翔城下，要求迎接昭宗回长安。
但是，韩全诲矫诏令朱温返回中原藩镇。
天复二年（902年），朱温在一度返回河中之后，他再次围攻凤翔，多次击败李茂贞！
前来救助李茂贞的鄜坊节度使李周彝也被拦截而归降朱温。
凤翔镇被围日久，城中食尽，冻饿死者不可胜计！
天复三年（903年）正月，李茂贞实在没法继续坚守凤翔城了！
他和昭宗商量了一下后，便将韩全诲等二十多名宦官斩杀，将他们的首级送给城外的朱温，同时将昭宗也交给了朱温。
朱温如愿以偿后，他带着部队和皇帝撤兵，向东返回长安！
天复四年（904年），宰相崔胤想借朱温的力量诛杀宦官！
大宦官韩全诲得知这个情况后，他马上李联合茂贞，请来李茂贞的几千兵马驻守京城，保护长安。
于是，李茂贞派他的儿子李继筠以数千兵保卫京师，宦官们依仗着有岐王的军队，更加骄横难以节制。
此时，朱温已经无心参与大唐朝廷内斗，他正在构思一个彻底解决问题的办法——挟天子以令诸侯，他要带昭宗皇帝离开他鞭长莫及的长安，离开难守难攻的秦川地区，将大唐朝廷迁到洛阳，这样，大唐天下将一步步变成他朱温的天下！
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