宴会结束后，李斯回到家中，想到秦国实行郡县制已经八、九年了，国家稳序发展，各行各业百废待兴。可万万没有想到还有人反对郡县制，这真是太不合时宜了。忽然有人报告：“补射周青臣来见。”李斯就让周青臣进见。周青臣进来后，行礼道：“丞相啊，今天淳于越也太狂妄了，他竟敢还提分封制，这不是和丞相做对吗？假如陛下真的听取他的建议实行分封制，那么丞相多年来主持的郡县新局不就毁于一旦了？”李斯拍案怒道：“周大人请放心吧，本相绝不会让淳于越的阴谋得逞！”说罢就让周青臣磨墨，自己挥笔疾书，一气呵成，写成了一道奏折。李斯写完，让周青臣阅读了一遍。周青臣看完，满脸堆笑，不停地说好。
次日早朝，大臣都把写好的奏折一一呈了上去。秦始皇开始览阅，有称赞郡县制好的，也有称赞分封制好的，真是各抒己见，莫衷一是。秦始皇最后看李斯的奏折，上面写道：
臣李斯冒死向皇帝陛下进言：周朝之时，天下诸侯，混战不休，这正是因为侯王太多的缘故。诸侯国多了，他们的言论和学说就会杂乱无章，诸子门派众多，他们用虚假的言词来掩饰战乱的过失，造成了言论的高度自由，以至于出现了随意批评各国时政的不良习惯，这些学者们还经常妄加评论周天子和诸侯王，常常使国君们陷入窘迫的境界。现在天下统一了，国家之事就应该由皇帝一人决定，人们再如果按照诸子的学说来任意地针砭时政，就是非常错误的，一定要坚决制止。
现在民间的私人学馆，都有各自的学习内容。这些内容与秦国的法令、条文、制度也不相吻合，所以人们看到朝廷的法令就喜欢用自己学到的百家观点妄加评论，总认为秦国的法律条文漏洞百出，不值得推敲。百姓在家大发议论，走出家门还要信口雌黄。这些人从表面上看是夸赞陛下，而实际上确实同陛下唱反调，他们在亵渎美政。长此下去，百姓们的思想就会混乱，陛下的威信也会下降，而民间的反对派和六国的旧势力也会趁势抬头。因此陛下应先发制人，提前制止言论的自由，先把那些异端分子坚决压制住，这样人们的思想就不会混乱了。
那么怎样才能统一思想呢？臣冒死献上一策：书是一切思想的来源，只有断绝了来源，人们的思想就会枯竭，因此臣请求把秦国以外的所有图书典籍全部焚毁，这主要是六国诸子的全部著作，尤其是孔、孟的书。具体的措施是除了朝廷的博士官可以保留之外，其余的人都不能再保留，尤其是民间的私人藏书，应该由地方官员挨家挨户地清查，清查出后全部送到府衙当众销毁。朝廷的命令下达后，还如果有人敢聚在一起谈论《诗经》、《书经》和百家语的，不论是谁一律抓起来定罪。把那些推崇古代、诽谤当代的人，一经查出就满门抄斩。即使秦国的官员也不例外，他们如果明明知道有人在诽谤朝廷却不检举，就以同罪论处。诏令下达后在一个月内仍然不烧书的，就定为黥刑发配到边疆服四年徭役。当然那些医学、卜筮、种植方面的书就不必焚毁了，因为这些书对人没什么伤害。百姓如果想学文字和法令的就到官府去学，必须以吏为师，同时立即取缔私人学馆，禁止家学。
通过上述办法：人们的思想就一定能统一起来。只有人人都以法来权衡事务，秦国就必然大治了，这样讽谤之风也会停止。秦国若是用这个办法，必定会长治久安，陛下的千秋伟业也必将世代相传。请陛下纳臣之谏，雷厉风行，诏令全国。
始皇帝一口气读完了李斯的奏章，心中震撼不已。散朝后他就留下李斯，问：“丞相此计是否会把古代的文化典籍摧毁殆尽？朕是否会落个千古的骂名？”李斯诚惶诚恐地回答：“毁了民间的书籍，对秦国没有任何损害。秦国从来都是以严法治国，才从蕞而小国发展为西方强国，最终一统天下。现在六国的臣民还非常怀念他们的故国和过去的主人，假如不用法令使他们忘记过去，就很难驾御天下！因此请陛下当机立断，早作决定。自古伟人造伟业，伟业须由伟人造，您还忧豫什么呢？请陛下顺应时代的潮流，发起焚书运动吧？”始皇帝听了这番言词，龙颜大悦，当机立断道：“卿之言正附合水德之说，准奏！”于是立即诏令全国，开始全国焚书。
始皇帝的长公子扶苏，时年二十七岁，长得面容俊朗，英姿勃勃，听说父皇要在全国焚书，急忙进宫来劝谏，他说：“陛下，书是圣贤之语，明理之本。如今度烧毁了，国家拿什么来教化百姓？况且人不教化就不会明白事理，不明白事理就与禽兽一样啦？”始皇帝大笑道：“禽兽之所以能被驱遣，就是因为它们没有思想啊，黔首们如果不明事理，驱遣起来不就与禽兽一样简单容易了吗？老百姓可以驱遣，但不能让他们明白为什么要被驱遣，这里头奥妙深着呢，你小子回去慢慢琢磨一下《商君》之书吧！”扶苏就不敢再说什么了，只好退了出来。
随后朝廷就颁布了焚书令。时间不长，在咸阳宫前的大广场上，上缴的图书就已经堆成了山。官员们就把这些成困的书册点着了焚烧，熊熊大火烧了十几天，浓烟把人们呛得擤鼻涕抹眼泪。这把大火就从咸阳烧起，然后向全国各地蔓延。官吏们谁不害怕皇帝？老百姓谁不害怕官吏？谁敢因为私藏几卷书籍而招来灾祸呢？于是人们就把家里所有的藏书都拿出来在门前焚烧，民间的书册与典籍就这样全都付之一炬了。当时只有曲阜孔子的家庙内，孔鲋偷偷的把数十部经典书籍藏在一面墙壁的夹层中，才得以保存了下来，他本人也逃往嵩山隐居起来。直到汉景帝时这些藏书才得以重现人间，这是后话。除此之外，在一些穷乡僻壤也保存了几册《诗经》和《书经》，其余地方就全部被烧毁。这是人类文化史上的一场空前浩劫，它把中国古代的文献和远古的文明，就这样一时间摧毁殆尽了。
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