杨安玄占据许昌城，将太守温详和司马马广软禁在宅中，通过温详的印信发号施令。
首先，杨安玄调阴绩、齐恪等人率军前来颍川，接着对二千颍川郡军进行筛选，仅留下八百六十人，其他人遣散归家，以府衙名义命令当地官府给田四十亩。
命阴绩、孟龙符等的操练兵马，杨安玄以广武将军的名义再度向萦阳太守陶庆行文，要求萦阳郡在年前将一万五千石粮食运至许昌城。
陶庆得知许昌城被夺，温详等人被软禁的消息大惊失色，与主簿、司马商议后，决定一面向朝庭举报杨安玄一面依言向许昌送去粮食。
好汉不吃眼前亏，若是惹恼了杨安玄，说不定兵临城下，自己会成为第二个温详。
襄城太守司马尚之得知杨安玄强占许昌城，在颍川郡发号施令，立时行文斥责，要杨安玄退出许昌，回新息守孝。
为防杨安玄向襄城用兵，司马尚之下令关卡严加戒备，同时向朝庭弹劾杨安玄擅自刀兵，暗指杨安玄有不臣之心，要求朝庭严惩。
萦阳郡和襄城郡的公文送至京城时，司马元显正为南下平叛的北府军大败焦头烂额。
谢琰死后，司马元显派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终和宁朔将军高雅之统率三路大军南下平叛。
三人皆是沙场宿将，与孙恩作战吸取了谢琰的教训，稳步推进，留意孙恩水师偷袭，打了不少胜仗，占据了上风。
桓不才和孙无终是三品将军，高雅之虽是四品却是刘牢之的女婿，麾下将士训练有素，装备精良。
司马元显下令三人统军南下平叛时并未命令由谁统率，三人彼此之间便相互猜忌、提防，生恐被别人抢了战功。
孙恩叛军经过两年多的战事磨练，战斗力提升，特别是杀死谢琰后，对北府军的惧意大减。
朝庭再度派北府军平叛，孙恩并没有逃回海岛，而是利用复杂的地形和水军优势与北府军周旋，打得有声有色，战事陷入胶着。
眼见天气变冷，高雅之急躁起来，抢先向盘据余姚的孙恩部发动进攻。
孙恩陈兵甬江平原，利用地势防御，与北府军激战。孙恩部战败谢琰时得到了一些北府军的辎重，不少人换上了皮甲，拿到了锋利的刀枪，勇气倍增，
余姚北有五磊山，南面四明山，分为南北屏障，甬江由西向东从狭长的平原上穿过入海，易守难攻。
孙恩部据险而守，北府军进展缓慢。桓不才和孙无终见高雅之发动攻击，生恐战果落入高雅之之手，相继加入战斗。
看到北府军倾巢而出，孙恩抓住战机，命其妹夫卢循率领水师自海上绕道上虞。卢循，东汉卢植后人。
北府军屯粮山阴，山阴至余姚必经上虞，卢循忽至，占据上虞，截断了北府军的补给线。
没有粮食补给，北府军不战自溃，孙恩趁机率军冲杀，北府军大败，战死者十之七八，元气大伤。
消息传至建康，京城为之震动，不少人纷纷离京避乱。
朝庭此时除了中军之外，唯一能平叛的军队只有京口刘牢之的北府军。
司马元显别无选择，只得加封刘牢之镇北将军，都督会稽五郡军事，率领两万北府军南下平定孙恩。
八万北府军，经过王恭、谢琰、高雅之等多次变故耗损，所剩已不足半数。
两日后，刘牢之率军到达会稽山阴城。分析战况之后，刘牢之敏锐地查觉到上虞的重要性，亲率三千兵马坐镇。
针对盘据在余姚等地的孙恩叛军，刘牢之严令各县据城而守，遇叛军来攻则固守待援。
一静还有一动，刘牢之派刘敬宣、何无忌、刘裕等将领齐头东进攻打余姚等城，收复失地，压缩叛军的空间。
刘牢之严令不准突进，进攻的队伍彼此响应，遇敌则互相支援，这让孙恩深感棘手。
与北府军交战不胜，诱敌不成，水师偷袭无路，孙恩被逼得节节后退。
半个月后，被逼得走投无路的孙恩，不得不再次率军从浃口出海，退回海岛。
刘牢之命吴郡内史袁崧于沪渎兴建城垒，于水中遍插竹签防御孙恩卷土重来。又命参军刘裕驻防句章，时年三十七岁的刘裕终于得以独镇一方。
得胜捷报奏到京城，司马元显欣喜若狂，认为击败孙恩是自己运筹帷幄、决胜千里之功。
祠部侍郎史平得到授意，上疏请天子下诏，任命司马元显都督十六州军事，兼领徐州刺史，加封司马元显三岁的儿子司马彦璋为东海王。
东晋名义上分十七州，都督十六州军事，除了宁州都在司马元显的都督军事之内，这与其父司马道子的都督中外诸军事只差一点了。