同样在1499年的夏季，距离喀布尔足足有数千公里之遥的东地中海也同阿富汗斯坦的群山一样沦为了战场。
此时的威尼斯共和国在东地中海还拥有大量的殖民地，她们星罗棋布地分布在各处，依靠海路相连。她们对于威尼斯来说是维系海洋帝国的生命线。
但对于奥斯曼来说，这些威尼斯据点就是“白海美丽面庞上的脓疮”。
巴耶济德已经决意扫除希腊地区的威尼斯统治，他的父皇法提赫苏丹已经拿下了内格罗蓬特，征服莫东、科罗尼、勒班陀等要塞便是巴耶济德接下来要做的。
从年初开始，奥斯曼军队就在为此备战，高门调遣工匠、物资制造军械的动静难以隐瞒。直到四月和五月，奥斯曼依然在想办法麻痹威尼斯人，让他们相信奥斯曼会维持两国之间的和平，接下来的进攻矛头会转向马穆鲁克。
但到六月，科斯坦丁尼耶的威尼斯商人被全部逮捕，月末，凯末尔·雷斯率领的庞大舰队就越过了达达尼尔海峡，同时奥斯曼军队出发穿越希腊的山地，围困了勒班陀要塞，苏丹的目标是什么已经很明显了。
不过威尼斯方面不是全无准备，共和国在3月就任命了一位新的海军司令官——安东尼奥·格里马尼并进行备战工作，两国都在宣扬和平的同时筹备战争。
作为富商的格里马尼在国家财政紧张时自费武装了十艘桨帆船，并向共和国贷款了一万六千杜卡特——以国家食盐贸易收入作为抵押——以从元老院获取了这一职位的任命。
这位格里马尼司令官在获得公职之后展现了强大的钞能力，直到七月，他在莫东集结起了共和国史上最庞大的舰队之一——桨帆船和卡拉克帆船共有95艘，搭载水兵近两万五千人。
因为掌控着这样强大的军势，加上之前传奇一般的商业成功，城内的舆论随即吹嘘起了格里马尼为“又一个亚历山大和凯撒”。
在看完间谍送回的报告后，大致了解了敌军构成和大致动向的他志在必得，威尼斯舰队拥有的卡拉克帆船和重型桨帆船远多于奥斯曼舰队。
凯末尔·雷斯所率领的奥斯曼舰队拥有约260艘战舰，搭载水兵超过三万，但重型军舰仅包括20艘卡拉克帆船和3艘重型桨帆船。
于是在出发前，他给元老院写信道：“诸位元老明鉴，蒙主洪恩，威尼斯的舰队将再一次为共和国带来光荣的胜利。”
到七月末，格里马尼都在跟踪奥斯曼舰队，两支舰队都在沿着希腊地区的海岸线航行。
只是格里马尼一直没抓到什么作战机会，奥斯曼舰队对于与身后的威尼斯舰队决战不感兴趣，他们的首要目标是支援围困勒班陀的陆军。
威尼斯舰队与奥斯曼舰队之间仅爆发多次小规模战斗，奥斯曼人小胜一场，损了格里马尼的颜面。
直到在宗奇奥湾，一股向岸风打向希腊海岸，格里马尼终于得到了与奥斯曼人一决高下的战机。他随即按照传统排兵布阵，所有的重型船舰被安排为前锋用以突破敌军阵线，而机动灵活的轻型船舰则紧随其后，冲入被打乱的敌军舰队进行作战。
他打算施行斩首战术，抽调两艘最大的卡拉克帆船专门对付奥斯曼舰队中最大的两艘卡拉克帆船，其中一艘还挂着巴耶济德苏丹的旗帜，他确信那就是旗舰。