在深町晶满脸泪痕中，古生代就此结束，爬行动物在降临者的期盼中迎来了属于他们的时代。
时空穿梭到了三叠纪，2.5亿-2亿年前地球已经跨入了中生代。相比昔日（古生代二叠纪）它更充满着活活生机，大型爬行动物主龙类成为三叠纪的陆地优势动物。但是恐龙才刚刚露出雏形，遍及海陆的鳄鱼才是那个时期的霸主。三叠纪的前期，地球上的所有版块都是挤在一起的，被称为盘古大陆或者泛大陆。到了后期，泛大陆开始分裂，剧烈的版块运动带来了剧烈的地震，火山喷发，而分裂正式开始时撕裂的地壳缝隙处涌出的熔岩数量，远远超过了二叠纪末期降临者炸出的那个缺口。不过这次降临者为了保护好不容易崭露头角的爬行动物，控制了版块分裂的速度，其直接结果就是海洋生物大规模灭绝，而某些爬行生物大规模生存的地域免于灾厄。
泛大陆版块在2亿-1.5亿年前正式分裂为劳亚古大陆和冈瓦纳大陆。劳亚古大陆包含了如今的欧亚大陆和北美大陆，冈瓦纳大陆则包含了非洲，南美洲，大洋洲和南极洲，地球也进入了中生代的第二纪元--侏罗纪。
深町晶对于侏罗纪不算陌生，无论是日本还是美国，都有不少影视作品讲述这个龙之纪元。他毕竟年少，一时也忘了悲伤，饶有兴致的注视着着方熟悉而又陌生的天地。
侏罗纪时期，恐龙算得上是一枝独秀。各种人们耳熟能详的恐龙在这里都能见到，陆地上的剑龙，腕龙，冰脊龙，马门溪龙，特异龙，嗜鸟龙。空中飞的双型齿翼龙，翼手龙，索德斯龙。海中游的鱼龙，蛇颈龙，侧齿龙。但陆地上的最强生物要数蛮龙了，深町晶亲眼看到一只蛮龙撕碎特异龙的情景。
侏罗纪之后是白垩纪，这两个纪元之间并无灭绝事件或生物演化的特点，可以明确分开两个年代。
白垩纪始于1亿4500年前，终于6500万年前。这一时期，恐龙的发展达到了顶点，深町晶惊讶的发现，原来几种侏罗纪公园中出现的著名恐龙，其实生活在白垩纪里。像是霸王龙，迅猛龙，沧龙，鸭嘴龙都是白垩纪世界的常见身影。
降临者认为恐龙的进化已经差不多到尽头了，他们挑选了五种恐龙作为他们的生体兵器进行测验，分别是霸王龙，南方巨兽龙，鲨齿龙，脊龙还有马普龙。这五种恐龙被送入星际战场后，取得的战果并不理想。庞大的体型使这些爬行动物对环境的适应能力大大下降，而且恐龙的智商使一些复杂命令根本没有实现的可能性。
认清现实之后，降临者不得不再次推倒重来，他们召唤了一颗10公里直径的陨石以超过40倍音速的速度砸向墨西哥犹加敦半岛附近。撞击激起的海啸遮天蔽日，直到在地球的另一面砰然相撞。洪水过后侥幸未死的恐龙又迎来了连续不断的强烈地震和火山爆发，最终只有一些小型哺乳类动物撑过了这段地狱般的日子。
恐龙退出历史舞台，宣告了中生代正式终结。
6500万年前新生代开始时，中生代占统治地位的爬行动物大部分绝灭，繁盛的裸子植物迅速衰退，为哺乳动物大发展和被子植物的极度繁盛所取代。