改革是指对现有的政治体制之内的旧有的生产关系、上层建筑作局部或根本性的调整。
“治世不一道，便国不法古。”从来没有施之百代而不变的制度，一切制度都是统治者为了维持社会的正常运转而设计的行为规范。
“陛下，改革绝非一朝一夕之事。自本朝开剏以来，祖宗之法以为定制，若依旧例卒难改革。”孙承宗见朱由校已经打开心扉，自己也就无法保留了。
“老师，我知道的，现在的问题错综复杂、环环相扣，并且相互制约、影响着。要想改革必须有一个清楚、完整的体系，想要快刀斩乱麻是不可能的。而是要抽丝剥茧，逐步逐个的将问题梳理干净。谁是我们的朋友，谁是我们的敌人，这是改革的主要问题。”
“朕以前的种种措施，都只是小打小闹。对某个小问题进行着有限的改良，而没有考虑整个大明整体。所以一切种种改良都只是盆栽，难成森林。改革是要重重递进的，不是一朝一夕的功夫。所以现在我们需要的是积攒力量，要的是隐忍。”
看到了孙承宗的表态，朱由校很是满意，他也彻底的放下心来，将自己对现状的看法与打算全盘托出。
“朕打算重设枢密院，以作顾问。”
现在的大明：旧的生产关系阻碍了社会生产力的发展；统治阶级面临统治危机，急需抑制土地兼并，缓和阶级矛盾，增加财政收入，实现富国强兵；旧的制度、习俗、思想文化阻碍社会的发展，新的思想与风俗蓬勃发展，并且表现着顽强的生命力与活力，但面临旧势力的残酷打压；民族危机严重。
改革势在必行，改革必须进行。此时大明若不改革，那革命就在眼前。但改革并不是一件容易的事，不是某一个政治家，一拍脑袋就能想出来的，这需要一大堆有经验，有能力的人共同合作。所以朱由校需要一个忠于自己的、有一定行政能力和经验并且能够接受新思想顾问团，和自己一起制定执行计划，推行改革。
而满足这些条件的，自然是有在基层行政经验的年轻官员，所以朱由校想到了重设“枢密院”这一想法，这样可以掰开原有的一切束缚，完全按照自己的想法构建组织，跨级别的选取自己想要的人才。
应该说到，此时朱由校的思想已经和刚穿越时发生了很大的不同。在朱由校刚穿越的时候，他认为大明的灭亡是不可避免的，与自己无关。他想做的只有一件事，就是怼死后金。但现在已经坐了两年的皇位，他现在的心态已经是一个合格的皇帝了。所以他拼命的想要巩固延续着自己的控制。
枢密院为封建时代中央官署名，五代至元的最高军事机构，唐始设枢密使，掌文书，明代，朱元璋废之，改设大都督府统军。
不过，朱由校想要重新设计的疏密院定位是顾问机构，所以他要的并不是原汁原味的管理军事枢密院，其框架和管理职能可能与日本或者英国的枢密院更为接近。
英国枢密院，是英国君主的咨询机构。它在封建时代具有十分大的权力。而日本枢密院，是由枢密顾问(顾问官)组成的天皇的咨询机构。简称为枢府。议长也被称为枢相。1888年(明治21年)设立，在1947年(昭和22年)被废止。