在1889年公布的日本宪法中，也明确规定其为天皇的最高咨询机关，以及在临时的特定时期作为国家的最高行政机构，首任议长为伊藤博文。
长期以来，枢密院是幕后掌控日本国家大政方针的显要部门。其权限划分为皇室机关的权限和国家机关的权限两类。枢密院禁止参与施政，也不得与大臣以外的人进行公务上的交涉。
当然，朱由校所要建立的枢密院，不需要管理皇室内部的事务，也不会由宗室的人插手；它会是自己的顾问机构，帮助自己制定计划，推行改革，如果在适当的时机也可以变成最高的行政机构，对整个朝廷进行着管控，如果有必要的话。
“陛下，太祖高皇帝废除枢密院，改设大都督府，并以为祖制，恐怕朝中会有阻力。”孙承宗已经不年轻了，他是一个很现实的人，十分直白的向朱由校提出了自己的看法。
朱由校叹了口气，缓缓说到“虽千万人，吾亦往之。”他的目光很坚定。
“永寿，拿笔墨纸砚来。”
永寿在一旁熟练而迅速将墨研好了，朱由校在一张白纸上提笔写下去，让墨迹在纸张上龙飞凤舞。孙承宗就在旁边看着，也不做声，他很好奇皇帝要干什么。
“好了，写完了，永寿，就把它这大殿之上吧！另外叫人在乾清宫中，也挂一副吧。”
孙承宗看到了纸上的文字：天变不足惧，祖宗不足法，人言不足恤。
孙承宗的眉头皱了一下，随后便放下去了。他已经明白了皇帝的决心，只是觉得用王安石的言语表志实在不太吉利，毕竟王安石变法失败了，在古代一直是典型的负面案例，不过事已至此，他也不好说什么。
谈话结束了，孙承宗也离开了西苑。又饿又冷的孙远华终于等到了皇帝的召见，不过，此时的朱由校已经很疲倦了。朱由校对他赞许有加，然后让他好好工作，继续努力，半个时辰就把他糊弄走了。
孙元化知道自己是入了皇帝的眼，让他很是开心。但实在是不知道皇帝叫自己过来究竟是为了什么，内心中又充满了疑惑。
他并不知道，在他与寒风中站立等待的那段时间里，历史的齿轮已经悄然转动了，在西苑之中，一个必然改变历史的决定已然发生。
“敬天法祖”的牌匾已经被历史的车轮压得粉碎。